Die Städte Brandenburg hatten bis zu Beginn des 14. Jahrhunderts eine Gestalt angenommen, die sie für lange Zeit behalten sollten. Innerhalb der Stadtmauer fanden keine großen strukturellen Veränderungen mehr statt, lediglich im Weichbild dehnten sich die Städte im 14. und 15. Jahrhundert aus (SCHICH 1993b). So wurden schon früh umliegende Dörfer aufgekauft und die Gemarkung der Städte durch wüste Feldmarken erweitert (SCHICH 1998, 18). Ebenso erwarben die Städte eine große Zahl von Gewässern sowie Wald- und Wiesenflächen. Die umfangreiche Brandenburger Gemarkung bot ausreichend Gelände für Neuansiedlungen bspw. von Vorwerken und Kolonien. Selbst die Gegend zwischen der Altstadt und der Neustadt wurde offenbar erst in der Mitte des 15. Jahrhunderts zur Besiedlung freigegeben. Man bezeichnete die Gegend als "Kleinvenedig", da die Häuser dort teilweise von Wasser umgeben waren. Die Randlage "Kleinvenedigs" wird auch durch die vielen Handwerker verdeutlicht, die hier ansässig waren und die mit Feuer und Wasser umgingen (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 86).

Die Lutherische Lehre drang relativ schnell nach Brandenburg, vor allem auf Grund der Tatsache, daß die Städte Brandenburg nur zwei Tagesreisen von Wittenberg entfernt lagen und Wittenberg zudem zum Sprengel des Brandenburger Bischofs gehörte (TSCHIRCH 1928, II, 3).
In beiden Städten gab es viele Anhänger der Reformation, vor allem unter den Studenten. Der seit 1526 neue Brandenburger Domprobst Mathias von Jagow, von TSCHIRCH (1928, II, 5) als "milder, einsichtsvoller Prälat" bezeichnet, ließ die Messe in deutscher Sprache lesen und erfuhr dabei Unterstützung durch Thomas Baitz, dem Pfarrer von St. Katharinen (der Pfarrkirche der Neustadt) und dem Rat der Stadt. Letztlich stimmte auch der neue Kurfürst Joachim II. den Brandenburger Glaubensbestrebungen zu, wenngleich diese dazu wertvollen Schmuck aus ihren Kirchen geben mußten (TSCHIRCH 1928, II, 9). In der Neustadt wurde 1536 die neue Lehre eingeführt, in der Altstadt zwei Jahre später. Nur das außerhalb der Städte liegende Domkapitel nahm erst 1555 den neuen Glauben an. Durch die Reformation wurden aber auch die Brandenburger Klöster aufgelöst, die der Doppelstadt bis dahin wichtige kulturelle und gestalterische Impulse gegeben hatten. Sie wurden nach und nach in Schulen und Hospitäler umgewandelt (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 81).

In beiden Städten waren die wichtigsten Institutionen vorhanden: 1572 wurde die Neustädtische Schule auf Initiative des Rates errichtet und 1589 der Altstadt die "Saldrische" Schule gestiftet (TSCHIRCH 1928, II, 30; SCHICH 1993a). Um 1517, in der Pestzeit, wurde in der Neustadt eine Apotheke errichtet, 1645 auch in der Altstadt, und später stellte man einen städtischen Arzt an (TSCHIRCH 1928, II, 70). 1613 baute der Rat ein Pesthaus. Die Pest- und Ruhrseuchen wüteten vor allem in den Jahren 1626 und 1630. Dabei sank die Bürgerschaft auf weniger als ein Fünftel des Bestandes herab, in der Altstadt sogar auf ein Zehntel (TSCHIRCH 1928, II, 91). Beide Städte hatten im 16. Jahrhundert die volle Gerichtsbarkeit erworben (1536 die Altstadt und 1565 die Neustadt) (TSCHIRCH 1928, II, 62). Das gemeinsame Schöppenhaus zwischen den Städten wurde 1550 abgerissen und durch einen Neubau ersetzt, der bis 1700 stand (TSCHIRCH 1928, II, 66). Als in diesem Jahr das Schöppenhaus und die Lange Brücke durch einen Sturm zerstört wurde, gab es keinen Wiederaufbau des Gerichtsgebäudes. Der Schöppenstuhl, den TSCHIRCH (1928, II, 153) als einstigen Stolz der Stadt und des ganzen Landes bezeichnete, hatte sich überlebt. Im Jahre 1551 wurde auf Befehl des Kurfürsten Joachim II. die Schleusen gebaut, welche die sogenannte Schiffahrt (den Stadtgraben) unmittelbar an der Stadtmauer der Neustadt vorbei führten (Taf. 1/2). Bis dahin mußte man die Stadt in weitem Bogen umschiffen.

Die wirtschaftliche Lage des Bürgerstandes war bis weit in das 16. Jahrhundert hinein günstig, doch trat daraufhin schnell ein Niedergang ein, dessen Grund TSCHIRCH (1928, II, 74) vor allem in den Satzungen der Zünfte sieht, die nicht mehr der Zeit entsprachen. Besonders die ausländische Konkurrenz wuchs (TSCHIRCH 1928, II, 80). Schon in der 2. Hälfte des 16. Jahrhunderts erlahmten in den märkischen Städten Handel und Gewerbe merklich. Vor allem Tuch, das über die untere Elbe nach Brandenburg kam, schädigte die heimische Produktion (TSCHIRCH 1928, II, 81). Die Tuchmacherei war neben dem Braugewerbe stets eine der Säulen des städtischen Wohlstandes der Städte. Bis zur Mitte des 18. Jahrhunderts erlebte das Tuchmachergewerbe zwar nochmals einen Aufschwung, ging dann aber, wie auch die Brauerei völlig nieder (TSCHIRCH 1928, II, 173).
Noch bevor die Mark Brandenburg in den Dreißigjährigen Krieg eintrat, hatten Elend und Not Einzug gehalten, daher bat 1621 die Neustadt um Unterstützung beim Kurfürsten Georg Wilhelm (TSCHIRCH 1928, II, 56). Überall in den Gemeinden des 16. Jahrhunderts machte sich der allmähliche Verfall städtischer Freiheit und selbständiger Größe bemerkbar. In politischer und wirtschaftlicher Hinsicht traten die Havelstädte am Anfang des 17. Jahrhunderts immer mehr hinter die Größe und Bedeutung der Landeshauptstadt Berlin zurück (TSCHIRCH 1928, II, 31). Die Stadt Brandenburg verlor ein weiteres Vorrecht, als 1643 Kurfürst Friedrich Wilhelm die Erbhuldigung der mittelmärkischen Städte nicht mehr in Brandenburg, sondern nun in Spandau entgegen nahm (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 83). Noch 1571 hatte Kurfürst Johann Georg in der Havelstadt die Huldigung entgegen genommen, damit aber bereits die gewonnene Macht des Landesherren über die Stadtgemeinden demonstriert (TSCHIRCH 1928, II, 22). Die eingeführte Akzise wurde zu einem weiteren scharfen Instrument beim landesherrlichen Eingriff in die Stadtverwaltung.
Der Dreißigjährige Krieg selbst warf die Stadt um viele Jahrhunderte zurück, denn als westliches Eingangstor der Mark, war sie den Wechselfällen der Katastrophe ganz besonders ausgesetzt gewesen. Nach Kriegsende versuchte man eine Wiederherstellung der Infrastruktur der Stadt. Zunächst setzte man 1653 die Schleuse instand, 1667 dann die Lange Brücke, 1672/74 folgten die Türme der Domkirche und des Neustädtischen Rathauses (Taf. 8/1). Doch zählte man 1680 allein in der Neustadt noch immer 297 unbebaute Plätze sowie 113 leere und wüste Häuser (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 83). Vor allem die Altstadt litt unter den Folgen des Dreißigjährigen Krieges. Bereits 1641 berichtete ein Besucher, Adam Gans von Putlitz, dem jungen Kurfürsten "man sei versucht, die Altstadt Brandenburg eher für eine Wüstenei oder einen Steinklumpen zu halten, als für eine Stadt" (nach TSCHIRCH 1928, II, 133). Sie sollte erst 1800 mit 2000 Personen wieder die Einwohnerzahl von 1625 erreichen.

Auf Grund des Potsdamer Duldungsediktes des Großen Kurfürsten vom 20. Oktober 1685 erfolgte auch in der Stadt Brandenburg die Gründung einer Kolonie, für französische Glaubensflüchtlinge. Die Franzosen bekamen eine eigene Gerichtsbarkeit, Kirche und Schule. Da die Angesiedelten vor allem Tuchmacher aus der Normandie waren, und sie nicht das Bürgerrecht erwarben, standen sie in Konkurrenz zu den heimischen Handwerkern (TSCHIRCH 1928, II, 160). Doch schon um 1735 war die Blütezeit der Kolonie vorüber.
Im Jahre 1671 wurden etliche Juden aus Österreich vertrieben. Von ihnen durften 50 Familien in die Mark Brandenburg einreisen, einzelne davon in die Stadt. Man erhoffte sich eine Erneuerung der wirtschaftlichen Grundlagen des gesamten Landes. Die Zahl der jüdischen Einwohner wuchs allmählich. Bereits seit 1729 konnte man von einer förmlichen Gemeinde sprechen, 1747 wurde ein neuer jüdischer Friedhof vor dem St.-Annentor angelegt. Die Ansiedlung von Franzosen und Juden brachte nach BODENSCHATZ/SEIFERT (1992, 84) auf "einer ganz anderen Ebene jene multikulturellen Einflüsse wieder, die mit der Abwicklung der Klöster verlorengegangen" waren.
Zwischen 1656 und 1657 wurde die erste Garnison in Brandenburg stationiert. In der Zeit des Großen Kurfürsten wurde Brandenburg dann Garnisonstadt. Nun erneuerte man die verfallene Stadtbefestigung, um zum einen die Fahnenflucht der Soldaten zu verhindern und zum anderen die Akzise erheben zu können (TSCHIRCH 1928, II, 102). Erst nach der Aufhebung der Akzise im Jahre 1820 wurde die Mauer eingerissen. Durch die neue Funktion als Garnisonstadt wurde die ehemalige Bürgerstadt Brandenburg "zur Bühne einquartierter Soldaten, deren Befehlszentrum in Berlin" lag (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 110). Da die Soldaten zunächst innerhalb der Stadt, vor allem in Bürgerhäusern untergebracht waren, wurde die Militarisierung in allen Facetten des Alltags präsent: im privaten Haus, in öffentlichen Gebäuden und in öffentlichen Räumen der Stadt. Erst ab 1775 gab es Kasernen zur Entlastung der Bürger.

Am 29. Juli 1715 verfügte König Friedrich Wilhelm I. die Zwangsvereinigung von Altstadt und Neustadt Brandenburg. Seit diesem Zeitpunkt stand das Altstädtische Rathaus leer. Friedrich der Große ließ darin eine Brachentfabrik errichten (TSCHIRCH 1928, II, 178). An die 100 Webermeister und 500 Spinner sollten hier tätig werden, aber das Unternehmen lief bei weitem nicht wie erhofft.

Einen tiefen emotionalen Einschnitt erlebten die Brandenburger im Jahre 1722, als auf Befehl Friedrich Wilhelm I. die Marienkirche abgerissen wurde. Die mittelalterliche Wallfahrtskirche - ein Hauptwerk der spätromanischen Baukunst in der Mark Brandenburg - überragte zuvor die Doppelstadt fast ein halbes Jahrtausend lang als "Stadtkrone" (SCHICH 1998, 13; vgl. a. EICHHOLZ 1912, 121-137). Das Stift auf dem Marienberg hatte sich nach der Reformation schnell aufgelöst und die Gebäude verfielen in Ruinen. Bereits gegen Ende des 16. Jahrhunderts war die Turmspitze des Gotteshauses eingefallen (TSCHIRCH 1928, II, 19). Dennoch blieb die Kirche bis zur Mitte des 18. Jahrhunderts im Bewußtsein der Bevölkerung und wurde immer noch auf Stadtabbildungen dargestellt. Nun sollten, trotz starker Proteste des Domkapitels und des Brandenburger Magistrats, die Steine der Kirche für den Bau eines Militärwaisenhauses in Potsdam verwendet werden. In der Zerstörung dieses stadtidentitätsbildenen Großbaus zeigte sich nach BODENSCHATZ/SEIFERT (1992, 91) demnach "die Anmaßung von Herrschern, überkommenes Kulturgut für eigenen Zwecke plündern zu dürfen". Anstatt der Kirche wurde nun eine "Lärmkanone" auf dem Berg installiert, mit der man auf die Desertion von Soldaten aus Brandenburg aufmerksam machte. Umliegende Dörfer waren dadurch zur Verfolgung der Entflohenen aufgerufen. Später (1833) errichtete man einen optischen Telegraphen für die Strecke Berlin - Köln - Koblenz. Für TSCHIRCH (1928 II, 113) war "die Vernichtung der Wallfahrtskirche ein militärischer Eingriff".

Auch das 18. Jahrhundert brachte also keine Stadterweiterung, sondern nur eine behutsame barocke Erneuerung des Stadtkerns auf dem mittelalterlichen Grundriß. Um 1800 bildeten die Stadtmauern immer noch die Grenze der dichten städtischen Bebauung. Außerhalb fanden sich nur wenige Ansiedlungen und Scheunen. Vor dem Plauer Tor errichtete man 1790 eine Landarmenanstalt, die später als Gefängnis diente (SCHICH 1998, 17). Nach der teilweisen Beseitigung der Befestigungsanlagen ab 1820 wurden an Stelle der ehemaligen Wälle und Gräben nun Promenaden und Parks angelegt, welche die Bürger in ihrer Freizeit nutzten. Der Abbruch mehrerer Tortürme und die Schaffung von Durchfahrten dienten vor allem der Anpassung an den verstärkten Verkehr.

In Brandenburg a. d. Havel lassen sich "typisch mittelalterliche" Baugewohnheiten auch in Kombination mehrerer Merkmale noch bis in das 17. Jahrhundert hinein feststellen (MÜLLER 1998a; MÜLLER 1998b, 21). Der brandenburgische Hausbau war im 18. Jahrhundert, ja bis weit in das 19. Jahrhundert hinein von Fachwerkbauten geprägt, nur der Gebäudetyp veränderte sich. Eine Bebauung durch traufständige Häuser setzte sich durch. Zudem fanden sich nun geschlossene Straßenwände an Stelle der einst eher lockeren Bebauung (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 92). Stein wurde nur für besondere Bauten genutzt. Zwar fand der Werkstoff schon ab dem Spätmittelalter auch im bürgerlichen Bereich Einzug, aber erst ab der frühen Neuzeit setzte eine sukzessive Versteinerung der Straßenfassaden ein (MÜLLER 1998b, 19). Die zurückhaltende Form der Stadterneuerung und die ausbleibende Stadterweiterung verweisen für BODENSCHATZ/SEIFERT (1992, 95) in erster Linie auf die niedrige Position der Stadt in der landesherrlichen Städtehierachie. Der Bedeutungsverlust der Stadt aber, war eine wichtige Bedingung für die noch heute erlebbare "mittelalterliche" Struktur. Die fehlenden Mittel zur Erneuerung und Erweiterung sind u. a. ein Grund für den Fortbestand der mittelalterlichen Großbauten, die nur umgebaut, aber nicht abgebrochen wurden. Somit gibt es einen Fortbestand der mittelalterlichen Straßen und Parzellen sowie ein Weiterwirken der mittelalterlichen Höhenverhältnisse (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 80).

Nach der "Blütezeit" im Mittelalter stagnierte die Stadtentwicklung bis weit in die zweite Hälfte des 19. Jahrhunderts. Die Bevorzugung von Potsdam und Berlin als Residenzen der Landesherren degradierte Brandenburg in der Städtehierachie der Mark, wirtschaftliche Schwierigkeiten kamen hinzu. Deutliche Anzeichen waren im 18. Jahrhundert der Abriß der Marienkirche, die Errichtung einer Garnison, die Vereinigung von Altstadt und Neustadt sowie die Umnutzung des Altstädtischen Rathauses als Manufaktur. Selbst ein Aufbauprogramm Friedrichs II. stellte keine Mittel zu einer durchgreifenden Stadterneuerung und Stadterweiterung bereit (BODENSCHATZ/SEIFERT 1992, 77). Stadtgestaltung im 18. Jahrhundert bedeutet vor allem Hauserneuerung. Die barocke Stadtsanierung zeigte sich als eine Erneuerung in der Stagnation.